计算机科学与技术系前身是1984年9月江西工业大学大学和江西大学分别挂牌成立计算机科学工程系，初建“计算机应用专科”专业，并开始招生。1985年将“计算机应用专科”专业改为“计算机应用本科”专业。1993年5月，因江西大学与江西工业大学合并成立南昌大学，相应的专业正式更名为“计算机及应用”专业，2002年系更名为南昌大学计算机科学与技术系，目前有计算机科学与技术、数据科学与大数据技术两个本科专业。2005年开始，在学校和学院的支持下，积极打造精品课程和品牌专业，“计算机科学与技术”专业获江西省“十五”、“十一五”品牌专业，是南昌大学“国家特色专业”和“省级品牌专业”。计算机科学与技术专业2019年获批国家一流专业建设点并于2021年3月通过国家工程教育认证，数据科学与大数据技术专业2019年获批江西省一流专业。
计算机科学与技术系目前拥有信息管理与信息系统1个二级学科博士点、计算机科学与技术1个一级学科硕士点，计算机应用技术、软件工程、网络与信息安全3个二级学科硕士点。计算机科学与技术一级学科硕士点与计算机技术专业型硕士点批准时间为2006年，是在1996年批准的计算机应用硕士点、1998年批准的计算机软件与理论硕士点和 2005年批准的计算机系统结构硕士点的基础上发展而来的。计算机技术为江西省“九五”、“十五”、“十一五”重点学科，计算机科学与技术为江西省“十二五”重点学科，本学科在全国第四轮学科评估中位列江西省第一，2022年3月本学科首次进入 ESI世界排名前1%行列。
本系现有专业教师53名，实验教师4人。教授11人（其中二级教授3人）、副教授20人、讲师18人，具有博士学位的有21人。省级学科带头人3名、省级教学名师1人，井岗学者1名、江西省高校学科带头人7名，博士生导师6名。在优化教师队伍的基础上，着力培养年轻教师，近年来引进多名海内外知名高校博士，聘请国外著名学者、专家柔性任职。系里组建了《计算机组织与结构》、《数据结构》精品课程教学团队，其中《计算机组织与结构》课程在“中国大学MOOC”等平台上线，入选省精品在线开放课程。有多名教师获得省级教学成果奖以及省级教改课题。
本系拥有丰富的教学和实验条件，帮助学生进行课程实验和各种创新活动，包括：计算机基础实验室、计算机认识实习实验室、软件开发技术实验室、可视化技术实验室、微机接口实验室、网络与信息安全实验室、计算机组成原理实验室、计算机系统实验室、卓越班实验室、航天班实验室、嵌入式实验室、云计算实验室等，面积达到6000平方米，实验设备721台（套），投入资金1500万余元。
计算机科学与技术系面向国家战略和区域经济发展，围绕学校“建设区域特色鲜明的高水平综合性大学”建设目标和“人为本、德为先、学为上”的育人理念，立足江西，面向全国，本系所属专业培养有社会责任、有专门知识、有实践能力、有国际视野、有健康身心、有创新精神、综合素质高，系统掌握计算机理论、方法与技能，能胜任计算机软硬件系统设计与开发、计算机工程及各领域的计算机应用，并具备研究及创新能力的复合型工程技术人才、行业骨干或项目管理人员。
在社会服务方面，本系学科相关教授作为省信息化智库成员，为省十三五信息化取得的优异成绩和十四五信息化发展规划发挥了积极作用；多名教授带领研发团队取得的科研成果已经在本省及全国多个省份进行转化。“智慧分布式能源管理云平台关键技术研发”、“基于SDO的社会保险数据整合平台”、“社会保险数据整合及数据仓库平台”、“江西省信息化人社人事人才系统”、“地面气象观测数据分析服务系统研究”、“江西烟草生态大数据系统”等横向项目成果已经在企业单位得到了应用，产生了显著的社会和经济效益，为本省和其他兄弟省份的经济建设和社会发展发挥了重要的作用。
面向国家战略和区域经济发展，在学校坚持以立德树人为根本，积极落实“人才强校、特色创新、产教融合”三大战略，遵循“育人为本、创新引领、合建驱动、改革攻坚、实干兴校、拼争一流”的发展思路指导下，计算机科学与技术系将全面贯彻落实党的教育方针，围绕立德树人根本任务，坚持走内涵式发展道路，为学校“双一流”建设和地方经济发展做出应有贡献。