南昌大学数学系源于江西大学数学系，创建于1958年，初设有数学、计算数学两个专业。1968年10月随江西大学撤销而撤销，1972年10月江西大学复校恢复数学系。1993年5月南昌大学成立后，数学系更名为数学与系统科学系。1996年增设决策科学系，实为数学与系统科学系、决策科学系、数学研究所“三块牌子、一套人马”。 2005年南昌大学与江西医学院合并组建新的南昌大学数学系。办学60年以来，为国家培养了大量从事数学教育与科学研究的人才，参与了中国数学的发展进程，并为之做出了巨大的贡献。
数学系拥有一支治学严谨、学术造诣深厚、年龄和学缘结构合理的师资队伍，现有专任教师92人，其中教授18人，副教授及副高职称人员32人，具有博士学位教师56人，博士生导师14人，硕士生导师46人。有“国家杰出青年基金”获得者1人，国家级教学名师1人，国家“万人计划”领军人才（教学名师）1人，享受国务院特殊津贴专家1人，国家宝钢教育奖3人，国家级教学团队1个，赣鄱英才555工程领军人才1人，江西省新世纪百千万人才工程人选2人，江西省主要学科学术和技术带头人（青年）1人，江西省杰青7人，江西省青年科学家（井冈之星）1人，江西省高等学校中青年学科带头人1人，江西省高等学校中青年骨干教师2人，南昌大学赣江讲座教授2人，南昌大学赣江杰出教授1人，南昌大学赣江特聘教授3人，南昌大学香樟英才特聘教授1人。获国家级教学成果奖2项，省级教学成果奖10项。
数学系现有1个一级学科数学博士授权点，2个一级学科硕士学位授权点：数学和统计学。涵盖数学和统计学所有的二级学科授权点（基础数学、应用数学、计算数学、概率论与数理统计、运筹学与控制论和统计学硕士点），其中基础数学硕士点是江西省首批硕士点之一。数学系现有3个本科专业：数学与应用数学专业、信息与计算科学专业、金融数学专业，其中数学与应用数学专业2003年获批江西省品牌专业，2010年获批江西省级特色专业，2016年获批江西省重点专业和综合改革试点专业，2019年入选国家“双万”计划中央赛道第一批国家级一流专业建设点；信息与计算科学专业依托于数学学科，是江西省首批品牌专业和综合改革试点专业，2020年入选“双万”计划江西省一流专业建设点；金融数学专业于2018年获批设立，是我校理工学部中唯一授予经济学学士学位的专业。
数学系历来重视学生综合素质的培养，面向国家特别是江西社会和经济发展的需求，培养既有坚实的基础理论知识、又有科学研究、科技开发能力的新型的数学人才和既懂计算机技术，又具有决策科学、计算数学、经济管理、运筹学等理论基础，定量分析能力强，适应社会主义市场经济建设需要的人才。
在南昌大学朝着 “具有江西底色、中国特色的世界一流大学”的宏伟目标迈进的路程中，数学系将全面贯彻落实党的教育方针，围绕立德树人根本任务，坚持走内涵式发展道路，求真务实，开拓创新，努力培养理论基础扎实、实践能力强的拔尖创新人才，为学校“双一流”建设和地方经济发展做出应有贡献，奋力书写数学学科建设的新篇章。